Harnik begann 1992 in Hamburg beim TSV Kirchwerder mit dem Fußballspielen. Der Verein schloss sich später mit der SpVgg Ochsenwerder-Moorfleet zum SC Vier- und Marschlande zusammen. In der Winterpause der Saison 2005/06 schloss sich Harnik Werder Bremen an, wo er zunächst in der Regionalligamannschaft eingesetzt wurde und 13 Spiele absolvierte.

Der gelernte Stürmer trainierte bereits in der Winterpause der Saison 2006/07 bei den Profis, ehe er sich einen Mittelfußbruch zuzog, der ihn außer Gefecht setzte und ihn fast die komplette Rückrunde kostete. Zur Saison 2007/08 unterschrieb er bei Werder Bremen einen Profivertrag bis 2010.

Sein Pflichtspieldebüt gab Harnik am 15. August 2007, als er in der Qualifikation zur Champions League gegen Dinamo Zagreb eingewechselt wurde.

In der Bundesliga spielte er erstmals am 25. August 2007, als er gegen den 1. FC Nürnberg in der 61. Minute eingewechselt wurde. Sein erstes Bundesligator in der 69. Minute sicherte seiner Mannschaft einen 1:0-Sieg gegen den „Club“. Der Nachwuchs-Stürmer kommt in Bremen auch als Außenverteidiger immer wieder zu Kurzeinsätzen.